Beberapa Program Unggulan SMA IT Raflesia yaitu :
- Berbasis Islam Terpadu
- Tahfidz Qur’an dengan lulusan minimal menghafal 2 Juz serta Bahasa Arab sebagai keunggulan menjadi mata pelajaran
- Pembiasaan Harian
- Pembiasaan siswa dalam sholat Dhuha dan sholat berjamaah, pembiasaan untuk tilawah / murojaah Al-Qur’an, pembiasaan untuk membaca Al-Ma’Tsurat pembiasaan untuk memberi salam setiap bertemu guru dan santun terhadap sesama, pembiasaan berdoa sebelum dan sesudah belajar
- Pengembangan Bakat Siswa
- Siswa disediakan ruang terbuka dengan konsep ramah anak untuk berkreasi dan mengekplorasi bakat mereka serta ditunjang dengan kegiatan life skill serta pramuka